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在受限环境中使用“rmarkdown::render”

r-environment knitr r-markdown r

moodymudskipper · 技术社区 · 6 年前

我有以下几点 Rmd 我打电话给的文件 test.Rmd

---
title: "test"
output: html_document
---

```{r}
print(y)
```

```{r}
x <- "don't you ignore me!"
print(x)
```

我想按以下方式调用渲染:

render('test.Rmd', output_format = "html_document",
        output_file = 'test.html',
        envir = list(y="hello"))

但它失败了:

processing file: test.Rmd
  |................                                                 |  25%
  ordinary text without R code

  |................................                                 |  50%
label: unnamed-chunk-1
  |.................................................                |  75%
  ordinary text without R code

  |.................................................................| 100%
label: unnamed-chunk-2
Quitting from lines 11-13 (test.Rmd) 
Error in print(x) : object 'x' not found

y envir 而且效果很好。

render 不喜欢列表,所以让我们给它一个合适的环境:

y_env <- as.environment(list(y="hello"))
ls(envir = y_env)
# [1] "y"

render('test.Rmd', output_format = "html_document",
       output_file = 'test.html',
       envir = y_env)

但更糟的是,它找不到 print !

processing file: test.Rmd
  |................                                                 |  25%
  ordinary text without R code

  |................................                                 |  50%
label: unnamed-chunk-1
Quitting from lines 7-8 (test.Rmd) 
Error in eval(expr, envir, enclos) : could not find function "print"

现在文档提到了使用这个函数 new.env

y_env <- new.env()
y_env$y <- "hello"
render('test.Rmd', output_format = "html_document",
       output_file = 'test.html',
       envir = y_env)

现在它成功了!

processing file: test.Rmd
  |................                                                 |  25%
  ordinary text without R code

  |................................                                 |  50%
label: unnamed-chunk-1
  |.................................................                |  75%
  ordinary text without R code

  |.................................................................| 100%
label: unnamed-chunk-2

output file: test.knit.md

"C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc" +RTS -K512m -RTS test.utf8.md --to html --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash --output test.html --smart --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --template "**redacted**\RMARKD~1\rmd\h\DEFAUL~1.HTM" --no-highlight --variable highlightjs=1 --variable "theme:bootstrap" --include-in-header "**redacted**\AppData\Local\Temp\RtmpGm9aXz\rmarkdown-str3f6c5101cb3.html" --mathjax --variable "mathjax-url:https://mathjax.rstudio.com/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML" 

Output created: test.html

所以我对几件事感到困惑,概括一下:

为什么会这样 提供
为什么我的第二次尝试不起作用,它与我的第三次尝试有何不同?
这是虫子吗?

1 回复 | 直到 6 年前

Josh O'Brien 6 年前

你的前两个例子失败的原因不同。要理解这两种失败,首先需要了解代码块是如何由 R标记 .

knitr的通用代码块评估过程

当你打电话的时候 rmarkdown::render() 在您的文件中,每个代码块最终都通过调用 evaluate::evaluate() evaluate() 其行为几乎与基R函数完全相同 eval()

(其中 evaluate::evaluate() 最不同于 评估() 它如何处理每个计算表达式的输出。如中所述 ?evaluate 针织衫 !)

无论如何,最终 评估() knitr:::block_exec() ,看起来像这样

evaluate::evaluate(code, envir = env, ...)

code 是字符串向量,给出构成当前块的表达式(可能有多个)。
env 是您提供的值 envir 你最初呼吁 rmarkdown::render() .

在你的第一个例子中, 环境 是一个列表,而不是一个环境。在这种情况下,将在函数调用创建的本地环境中执行求值。未解析符号(如两个 ?eval 和 )都是在名单上找第一个通过的 环境 然后在由 enclos

因为 评估() 每次对表达式的字符向量操作一个,当 环境 是一个列表,在其中一个表达式中创建的变量将无法在后续表达式中使用。

当 环境 论据是一个列表,您的代码块最终通过如下调用进行计算:

library(evaluate)
code <- c('x <- "don\'t you ignore me!"',
          'print(x)')
env <- list(y = 1:10)
evaluate(code, envir = env)

## Or, for prettier printing:
replay(evaluate(code, envir = env))
## > x <- "don't you ignore me!"
## > print(x)
## Error in print(x): object 'x' not found

env <- list(y =1 :10)
eval(quote(x <- "don't you ignore me"), envir = env)
eval(quote(x), envir = env)
## Error in eval(quote(x), envir = env) : object 'x' not found

envir= 是由返回的环境 as.environment(list()) ,则会因不同的原因出现错误。在这种情况下,您的代码块最终会通过如下调用进行计算:

library(evaluate)
code <- c('x <- "don\'t you ignore me!"',
          'print(x)')
env <- as.environment(list(y = 1:10))
evaluate(code, envir = env)

## Or, for prettier printing:
replay(evaluate(code, envir = env))
## > x <- "don't you ignore me!"
## Error in x <- "don't you ignore me!": could not find function "<-"
## > print(x)
## Error in print(x): could not find function "print"

as.environment() 返回其封闭环境为空环境的环境(即 emptyenv() ). 评估() (就像 评估() 会)寻找符号 <- 在里面 环境 当它在那里找不到它时,就会启动封闭环境链,这里不包含任何匹配项(还记得什么时候是一个环境,而不是一个列表参数未使用。)

推荐解决方案

要想做你想做的事,你需要创建一个环境:(1)包含你列表中的所有对象,以及(2) 将调用的父环境作为其封闭环境 render() (即调用 渲染() 通常进行评估)。最简洁的方法就是使用俏皮的 list2env()

env <- list2env(list(y="hello"), parent.frame())
render('test.Rmd', output_format = "html_document",
        output_file = 'test.html',
        envir = env)

这样做将导致您的代码块由如下代码进行评估,这是您想要的:

library(evaluate)
code <- c('x <- "don\'t you ignore me!"',
          'print(x)')
env <- list2env(list(y = 1:10), envir = parent.frame())
evaluate(code, envir = env)
replay(evaluate(code, envir = env))
## > x <- "don't you ignore me!"
## > print(x)
## [1] "don't you ignore me!"