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Awk或Bash,将字符串从特定列和行号替换为正向

awk

Another.Chemist · 技术社区 · 4 年前

我想在第5列中用C替换大写字母B,从第6行到文件末尾,需要保持原始输入文件中的空格原样。

ATOM   1939  HG2 PRO A 125      35.681  32.906  38.437  1.00 43.59           H  
ATOM   1940  HG3 PRO A 125      34.593  33.765  37.652  1.00 41.79           H  
ATOM   1941  HD2 PRO A 125      37.364  34.075  37.624  1.00 43.38           H  
ATOM   1942  HD3 PRO A 125      36.333  34.312  36.415  1.00 41.29           H  
TER   
ATOM   1944  N   MET B  11      16.583  29.975  -4.306  1.00 51.32           N  
ATOM   1945  CA  MET B  11      15.542  30.263  -3.327  1.00 39.92           C  
ATOM   1946  C   MET B  11      16.146  30.366  -1.933  1.00 32.50           C

我已阅读:

我的尝试是: awk 'NR == 6 && $ == 5, { sub(" B ", " C ") }'

2 回复 | 直到 4 年前

RavinderSingh13 Nikita Bakshi 4 年前

这个简单 awk 应该对你们有同样的帮助。用GNU编写和测试 awk 。

awk '
FNR>=6 && match($0,/^(\S+[[:space:]]+)(\S+[[:space:]]+)(\S+[[:space:]]+)(\S+[[:space:]]+)(\S+)(.*)$/,arr) && arr[5]=="B"{
  $0=arr[1] arr[2] arr[3] arr[4] "C" arr[6]
}
1
'  Input_file

使用 match 在这里函数可以保持您的空间,即使在替换之后也是如此。

David C. Rankin 4 年前

您可以使用任何 awk 并通过使用 sub() 记录在案。这样可以防止 awk 重新计算字段。例如,您可以执行以下操作:

awk 'NR > 5 { sub(/MET B/,"MET C") }1' file

在这里 awk 将替换第一次出现的 "MET B" 具有 "MET C" 从第6个记录开始,只保留间隔。

输出

ATOM   1939  HG2 PRO A 125      35.681  32.906  38.437  1.00 43.59           H
ATOM   1940  HG3 PRO A 125      34.593  33.765  37.652  1.00 41.79           H
ATOM   1941  HD2 PRO A 125      37.364  34.075  37.624  1.00 43.38           H
ATOM   1942  HD3 PRO A 125      36.333  34.312  36.415  1.00 41.29           H
TER
ATOM   1944  N   MET C  11      16.583  29.975  -4.306  1.00 51.32           N
ATOM   1945  CA  MET C  11      15.542  30.263  -3.327  1.00 39.92           C
ATOM   1946  C   MET C  11      16.146  30.366  -1.933  1.00 32.50           C

Barmar 4 年前

使用 NR >= 6 以更新从第6行开始的所有行。您的代码只在第6行执行。

放 $5 在 sub() 调用仅在该字段中进行替换。

awk 'NR >= 6 {sub("B", "C", $5)} 1'

我希望你不要在意列之间的空格数。更新的行将有多个空间折叠为一个,因此

ATOM   1944  N   MET B  11      16.583  29.975  -4.306  1.00 51.32           N

变成

ATOM 1944 N MET C 11 16.583 29.975 -4.306 1.00 51.32 N

The fourth bird 4 年前

如果你能利用 gawk ,您可以使用 split 哪个会有 seps 存储分隔符的数组。

您可以在字段分隔符上进行拆分 FS ,然后使用split返回的数字在所有字段中循环。

遇到字段5时,值为 B ,然后将其更改为 C

awk 'NR > 5 {
  nr = split($0, a, FS, seps)
  for (i = 1; i <= nr; ++i) {
    if (i == 5 && a[i] == "B") a[i] = "C" 
    printf "%s%s", a[i], seps[i]
  }
  printf "\n"
  next
}1' file

输出

ATOM   1939  HG2 PRO A 125      35.681  32.906  38.437  1.00 43.59           H
ATOM   1940  HG3 PRO A 125      34.593  33.765  37.652  1.00 41.79           H
ATOM   1941  HD2 PRO A 125      37.364  34.075  37.624  1.00 43.38           H
ATOM   1942  HD3 PRO A 125      36.333  34.312  36.415  1.00 41.29           H
TER
ATOM   1944  N   MET C  11      16.583  29.975  -4.306  1.00 51.32           N
ATOM   1945  CA  MET C  11      15.542  30.263  -3.327  1.00 39.92           C
ATOM   1946  C   MET C  11      16.146  30.366  -1.933  1.00 32.50           C