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ggsurvplot:从函数调用时无法使用survfit

ggplot2 r

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camnesia · 技术社区 · 8 年前

我试着绘制一个生存图,当试图把我的SurvFoad函数移到一个main函数中时,我遇到了一个问题,在那里我可以把它称为不同的数据集。当我运行代码时

fit<- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)

allsurv <- function(fit){
ggsurvplot(
fit,
pval = TRUE,
pval.coord = c(200, 0.10), 
conf.int = TRUE,
xlab = "Days",
ggtheme = theme_light(), 
surv.median.line = "hv", 
legend.labs = c("Female","Male"),
legend.title = "",
palette = c("#8C3F4D","#3E606F")) + 
scale_y_continuous(expand = c(0.02, 0.02),breaks = seq(from = 0, to = 1, by = 0.1),labels=percent) + 
scale_x_continuous(expand = c(0.006, 0.006),
                   limits = c(0,366*12), breaks = seq(0, 4392, 100))
}

allsurv(fit)

函数正常绘制

但是,当我从函数调用survfit时:

fit_all <- function(x){
 survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = x)
}

allsurv(fit_all(lung))

我收到一个错误:“eval中的错误(fit$call$data):未找到对象'x'”

你知道我做错了什么吗?

1 回复 | 直到 8 年前

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camnesia 8 年前

我设法使它运转起来。其他有同样问题的人。这个问题似乎是由单独调用函数或从另一个函数返回的结果引起的。

 fit_all(lung)

它返回调用:survfit(formula=surv(time,status)~sex,data=x)

fit

它返回调用:survfit(formula=surv(time,status)~ sex,data=lung)

似乎ggsurvplot将调用中的数据视为绘图的数据,并且当从另一个函数“data=x”调用时。过去的方法似乎是在ggsurvplot中的survfit函数之前定义数据。

allsurv <- function(fit, x){
ggsurvplot(
data = x,
fit,
pval = TRUE,
pval.coord = c(200, 0.10), 
conf.int = TRUE,
xlab = "Days",
ggtheme = theme_light(), 
surv.median.line = "hv", 
legend.labs = c("Female","Male"),
legend.title = "",
palette = c("#8C3F4D","#3E606F")) + 
scale_y_continuous(expand = c(0.02, 0.02),breaks = seq(from = 0, to = 1, by = 0.1),labels=percent) + 
scale_x_continuous(expand = c(0.006, 0.006),
                   limits = c(0,366*12), breaks = seq(0, 4392, 100))
}

allsurv(fit_all(lung), lung)