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在pl/r中加载、列出和使用r模块和函数

plr r postgresql

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Dave Jarvis James Eichele · 技术社区 · 15 年前

我在以下方面遇到困难:

列出PostgreSQL可用的R包和函数。
安装程序包(例如 Kendall )用于PL/R
在PostgreSQL中调用r函数

列出可用的R包

Q. 您如何确定已加载了哪些R模块?

SELECT * FROM r_typenames();

它显示了可用的类型,但是检查 Kendall( X, Y ) 载入了吗?例如, documentation 显示:

CREATE TABLE plr_modules (
  modseq int4,
  modsrc text
);

这似乎允许插入记录来指示 Kendall 将被加载,但以下代码没有从语法上解释如何确保加载:

INSERT INTO plr_modules
  VALUES (0, 'pg.test.module.load <-function(msg) {print(msg)}');

Q. 2. 如果您试图加载,上面的行会是什么样子 肯德尔 ?
Q.3. 是否适用?

安装R包

使用“synaptic”软件包管理器安装了以下软件包:

r-base
r-base-core
r-base-dev
r-base-html
r-base-latex
r-cran-acepack
r-cran-boot
r-cran-car
r-cran-chron
r-cran-cluster
r-cran-codetools
r-cran-design
r-cran-foreign
r-cran-hmisc
r-cran-kernsmooth
r-cran-lattice
r-cran-matrix
r-cran-mgcv
r-cran-nlme
r-cran-quadprog
r-cran-robustbase
r-cran-rpart
r-cran-survival
r-cran-vr
r-recommended

Q.4. 我怎么知道肯德尔在里面?
Q.5. 如果不是,我怎么知道它在哪个包裹里?
Q.6。 如果它不在适合安装的软件包中, apt-get ( aptitude , synaptic , dpkg ,你呢),如何在Ubuntu上安装它?
Q.7。 安装步骤记录在哪里?

调用r函数

我有以下代码:

EXECUTE 'SELECT '
  'regr_slope( amount, year_taken ),'
  'regr_intercept( amount, year_taken ),'
  'corr( amount, year_taken ),'
  'sum( measurements ) AS total_measurements '
'FROM temp_regression'
INTO STRICT slope, intercept, correlation, total_measurements;

此代码调用PostgreSQL函数 corr 计算皮尔逊与数据的相关性。理想情况下,我想做以下工作(通过切换 科尔 对于 plr_kendall ):

EXECUTE 'SELECT '
  'regr_slope( amount, year_taken ),'
  'regr_intercept( amount, year_taken ),'
  'plr_kendall( amount, year_taken ),'
  'sum( measurements ) AS total_measurements '
'FROM temp_regression'
INTO STRICT slope, intercept, correlation, total_measurements;

Q.8。 我要写吗 普里恩肯德尔 我自己?
Q.9。 在哪能找到 简单的 示例:

将R模块加载到pg.
为所需的r函数编写pg包装器。
从select调用pg包装器。

例如,最后两个步骤是否如下所示:

create or replace function plr_kendall( _float8, _float8 ) returns float as '
  agg_kendall(arg1, arg2)
' language 'plr';

CREATE AGGREGATE agg_kendall (
  sfunc = plr_array_accum,
  basetype = float8, -- ???
  stype = _float8, -- ???
  finalfunc = plr_kendall
);

然后 SELECT 如上?

谢谢您!

1 回复 | 直到 15 年前

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Dave Jarvis James Eichele 15 年前

概述

这些步骤列出了如何使用pl/r从PostgreSQL调用r函数。

先决条件

您必须已经安装了PostgreSQL、R和PL/R。

步骤

查找R模块名称(例如, Kendall )
更改为数据库用户: sudo su - postgres
运行R R
安装R模块(接受 $HOME/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.9/ ): install.packages("Kendall", dependencies = TRUE)
当提示时,选择起重机后视镜。

创建下表:


     CREATE TABLE plr_modules (
modseq int4,
modsrc text
);

在该表中插入加载相关R模块的指令:


     INSERT INTO plr_modules
VALUES (0, 'library(Kendall)' );

重新启动数据库(或 SELECT * FROM reload_plr_modules(); ): sudo /etc/init.d/postgresql-8.4 restart

在PostgreSQL中创建包装函数:


     CREATE OR REPLACE FUNCTION climate.plr_corr_kendall(
double precision[],
double precision[] )
RETURNS double precision AS
$BODY$
Kendall(arg1, arg2)
$BODY$
LANGUAGE 'plr' VOLATILE STRICT;

创建使用包装函数的函数。
测试新功能。

包装器函数

此函数执行从数据库收集数据和创建两个数组的工作。这些数组被传递到 plr_corr_kendall 包装函数。

CREATE OR REPLACE FUNCTION climate.analysis_vector()
RETURNS double precision AS
$BODY$
DECLARE
  v_year_taken double precision[];
  v_amount double precision[];
  i RECORD;
BEGIN
  FOR i IN (
  SELECT
    extract(YEAR FROM m.taken) AS year_taken,
    avg( m.amount ) AS amount
  FROM
    climate.city c,
    climate.station s,
    climate.station_category sc,
    climate.measurement m
  WHERE 
    c.id = 5148 AND 
    earth_distance( 
      ll_to_earth(c.latitude_decimal,c.longitude_decimal), 
      ll_to_earth(s.latitude_decimal,s.longitude_decimal)) <= 30 AND 
    s.elevation BETWEEN 0  AND  3000  AND 
    s.applicable AND 
    sc.station_id = s.id AND 
    sc.category_id = 1 AND 
    extract(YEAR FROM sc.taken_start) >= 1900 AND 
    extract(YEAR FROM sc.taken_end) <= 2009 AND 
    m.station_id = s.id AND 
    m.taken BETWEEN sc.taken_start AND sc.taken_end AND 
    m.category_id = sc.category_id 
  GROUP BY 
    extract(YEAR FROM m.taken)
  ORDER BY
    extract(YEAR FROM m.taken)
  ) LOOP
    SELECT array_append( v_year_taken, i.year_taken ) INTO v_year_taken;
    SELECT array_append( v_amount, i.amount::double precision ) INTO v_amount;
  END LOOP;

  RAISE NOTICE '%', v_year_taken;
  RAISE NOTICE '%', v_amount;

  RETURN climate.plr_corr_kendall( v_year_taken, v_amount );
END;
$BODY$
LANGUAGE 'plpgsql' VOLATILE
COST 100;

试验

测试功能如下:

SELECT
  *
FROM
  climate.analysis_vector();

结果

编号:0.0578900910913944