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带有变量的r drake文件输出名

drake-r-package ropensci r

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David · 技术社区 · 7 年前

我正在使用 drake 要创建多个输出文件,我要在其中通过变量指定路径。有点像

outpath <- "data"
outfile <- file.path(outpath, "mydata.csv")
write.csv(df, outfile)

但是 file_out 除了文字字符之外,似乎无法处理给它的参数。

给出一个小的代码示例:

代码设置

library(drake)

outpath <- "data"
# for reproducibility only
if (!dir.exists(outpath)) dir.create(outpath)

make_data <- function() data.frame(x = 1:10, y = rnorm(10))

工作代码

直接指定文件:

p0 <- drake_plan(
  df = make_data(),
  write.csv(df, file_out("data/mydata0.csv"))
)
make(p0)
#> target file "data/mydata0.csv"

失效代码

使用 file.path 建造出口

p1 <- drake_plan(
  df = make_data(),
  write.csv(df, file_out(file.path(outpath, "mydata1.csv")))
)
make(p1)
#> target file "mydata1.csv"
#> Error: The file does not exist: mydata1.csv
#> In addition: Warning message:
#> File "mydata1.csv" was built or processed,
#> but the file itself does not exist.

我想德雷克只找到文本字符串作为目标,而不是 file.path(...) 例如,这也失败了

p2 <- drake_plan(
  df = make_data(),
  outfile = file.path(outpath, "mydata1.csv"),
  write.csv(df, file_out(outfile))
)
#> Error: found an empty file_out() in command: write.csv(df, file_out(outfile))

知道怎么解决吗?

1 回复 | 直到 6 年前

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landau 6 年前

对不起,我来晚了。我可以更容易地找到问题 drake-r-package 标签。

感谢@alexis提供了相关线程的链接。通配符在这里真的很有用。

所有目标、输入文件和输出文件都需要预先显式命名。就是这样 drake 可以在不计算计划中任何代码的情况下找出所有依赖关系。自从 公鸭 负责确定何时构建哪些目标,我可能不会在将来的开发中放松这一要求。

就其价值而言,整洁的评估也可能有所帮助。

library(drake) # version 5.3.0
pkgconfig::set_config("drake::strings_in_dots" = "literals")
file <- file.path("dir", "mydata1.csv")
drake_plan(
  df = make_data(),
  output = write.csv(df, file_out(!!file))
)
#> # A tibble: 2 x 2
#>   target         command                                       
#> * <chr>          <chr>                                         
#> 1 df             make_data()                                   
#> 2 output         "write.csv(df, file_out(\"dir/mydata1.csv\"))"

编辑:元编程

我最近添加了 lengthy section of the manual on metaprogramming . 如果您希望以更灵活和自动化的方式生成工作流计划数据框架,则可能必须放弃 drake_plan() 功能和做更多涉及整洁的评价。这个 discussion on the issue tracker 也是相关的。