储存化学配方最有效的方法是什么?

一个可能的解决方案是采用不同的设计。分子式由一堆元素以及这些元素的数量组成。因此,一个可能的解决方案是 MolecularFormula 类包装该信息,该信息基于 Map<Element, int> 。

一个可能的例子:

public class MolecularFormula
{
    private Map<Element, int> elements = new HashMap<Element, int>();

    //... Constructors etc
    //A list to iterate through all values
    public List<NElement> getElements()
    {
        List<NElement> retList = new ArrayList<NElement>();
        foreach(Element e : elements)
        {
            retList.put(new NElement(e, elements.get(e));
        }
        return retList;
    }

    //To add something
    public void add(Element e, int num)
    {
        if(elements.containsKey(e))
        {
            int newNum = elements.get(e) + num;
            elements.remove(e);
            elements.put(e, newNum);
        }
        else
        {
            elements.put(e, num);
        }
    }
}

这是匆忙拼凑在一起的,根本不是很有效,但它应该会给你一个可能的选择的想法。

尝试使用 SMARTS , SMILES , InChi 或 ASL 。我相信前两个是开源的。InChi由IUPAC维护,并且可以很好地哈希以供数据库使用。ASL是 Schrödinger, Inc 如果您已经在使用Schrdinger软件,我建议您直接使用他们的Python API。

使用这些工具中的任何一个,您都可以在由SMARTS/SMILES/ASL描述的分子中找到由特定SMARTS/SMILES/ASL字符串描述的官能团(或原子)。