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R: 循环检查文件是否存在,并将其放入列表#失败

filepath if-statement loops r

Thai · 技术社区 · 7 年前

我有735个文件夹,其中一些将有一个。grd文件在里面,其他人不会。在堆栈中进行了大量研究之后,我提出了一个代码来检查。grd文件存在,如果存在,则读取。grd到列表中,如果没有,则跳过它。但它不起作用。。。代码生成了一个包含735个对象的列表,其中一些是thm,为空。这是我的代码:

#the folder where all folders are
dir_maxent_spp<-"C:\\Users\\thai\\Documents\\ORCHIDACEAE\\Ecologicos\\w2\\SpDistModel\\Maxent_spp_20170815\\xm"

#list all folders within 
files <- list.files()

#create an empty list to receive the reads
grd_list<-list()

for (i in 1:length(files)){

#get into each folder
setwd(paste(dir_maxent_spp,"\\",files[i], sep="")) 

#set the name of the file I'm looking for
f <- paste0(paste(gsub('\\s+','_',files[i]),"_pred.grd", sep=""))

#check it's existence and it does exist, get it to the list
if (file.exists(f))
grd_list[[i]]<-stack(f)
}

现在,我确实意识到问题在于这一部分: grd_list[[i]]<-stack(f) ... 我拿着这个。grd进入列表的第i个位置,对吗?但是我如何跳过I的值而不跳过列表中的位置呢?我是R新手,如果这个问题太天真,我很抱歉

3 回复 | 直到 7 年前

Dan 7 年前

#the folder where all folders are
dir_maxent_spp<-"C:\\Users\\thai\\Documents\\ORCHIDACEAE\\Ecologicos\\w2\\SpDistModel\\Maxent_spp_20170815\\xm"

#list all folders within 
files <- list.files()

#create an empty list to receive the reads
grd_list<-list()

# Loop counter
j <- 1

for (i in files){
  #get into each folder
  setwd(paste(dir_maxent_spp,"\\",i, sep="")) 

  #set the name of the file I'm looking for
  f <- paste0(paste(gsub('\\s+','_',i),"_pred.grd", sep=""))

  #check it's existence and it does exist, get it to the list
  if (file.exists(f)) {
    # Store stack
    grd_list[[j]]<-stack(f)

    # Increment loop counter
    j <- j + 1
  }
}

CPak 7 年前

Reduce 您的列表,将跳过空行

可复制示例

grd_list<-list()

grd_list[[3]] <- 3
grd_list[[6]] <- 4

option <- Reduce(rbind, grd_list)

     [,1]
[1,]    3
[2,]    4

Thai 7 年前

@Lyngbakr的回答让我自己找到了一个解决方案:

使用

  grd_list[[(legth(grd_list)+1)]]<-stack(f)

而不是

  grd_list[[i]]<-stack(f)

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