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根据snakemake中的规则限制作业数

snakemake

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Manavalan Gajapathy Pal · 技术社区 · 8 年前

--jobs 全局控制一次允许运行多少个作业,但我希望通过特定规则进行限制。

这是因为,我有一个特定的规则,最多可用于两个并行作业。但是,如果我设置 --工作 对于20,这将导致工具在该特定规则中崩溃。我在LSF集群中使用snakemake v5.2.0。

1 回复 | 直到 8 年前

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Jan Schreiber 8 年前

你可能需要资源。

在规则中定义它们

rule only_two:
    ...
    resources:
        load=50
    ...

然后跑 snakemake 有一定的资源限制。

snakemake --resources load=100

它应该只运行规则的两个实例 only_two .

所有其他规则都可能有 load