使用shell()执行多个shell命令的推荐方法

你可以打电话 shell() run run: shell: ):

rule processing_step:
    input:
        # [...]
    output:
        # [...]
    run:
        shell("somecommand {input} > tempfile")
        shell("othercommand tempfile {output}")

否则,由于run块接受Python代码,您可以将命令列表构建为字符串,并对其进行迭代:

rule processing_step:
    input:
        # [...]
    output:
        # [...]
    run:
        commands = [
            "somecommand {input} > tempfile",
            "othercommand tempfile {output}"
        ]
        for c in commands:
            shell(c)

shell 块,并像在shell脚本中一样编写命令。这可以说是纯shell规则中可读性最强的规则:

rule processing_step:
    input:
        # [...]
    output:
        # [...]
    shell:
        """
        somecommand {input} > tempfile
        othercommand tempfile {output}
        """

|| 和 && :

rule processing_step:
    input:
        # [...]
    output:
        # [...]
    shell:
        "command_one && echo 'command_one worked' || echo 'command_one failed'"

我想我会举这个例子。这可能不是对用户问题的直接回答,但我在搜索类似内容并试图找出如何运行多个shell命令并在特定目录中运行其中一些命令(出于各种原因)时遇到了这个问题。

为了保持整洁,可以使用shell脚本。

scripts/run_somecommand.sh 这将执行以下操作:

#!/usr/bin/env sh
input=$(realpath $1)
output=$(realpath $2)
log=$(realpath $3)
sample="$4"

mkdir -p data/analysis/${sample}
cd data/analysis/${sample}
somecommand --input ${input} --output ${output} 2> ${log}

rule somerule:
    input:
        "data/{sample}.fastq"
    output:
        "data/analysis/{sample}/{sample}_somecommand.json"
    log:
        "logs/somecommand_{sample}.log"
    shell:
        "scripts/run_somecommand.sh {input} {output} {log} {sample}"

注意:如果您正在使用Mac电脑,并且没有 realpath 您可以使用安装 brew install coreutils