我正在尝试计划和R脚本在容器中运行。我有这样一个docker文件:
# Install R version 3.5
FROM rocker/tidyverse:3.5.1
USER root
# Install Ubuntu packages
RUN apt-get update && apt-get install -y \
sudo \
gdebi-core \
pandoc \
pandoc-citeproc \
libcurl4-gnutls-dev \
libcairo2-dev \
libxt-dev \
libssl-dev \
xtail \
wget \
cron
# Install R packrat, which we'll then use to install the other packages
RUN R -e 'install.packages("packrat", repos="http://cran.rstudio.com", dependencies=TRUE);'
# copy packrat files
COPY packrat/ /home/project/packrat/
# copy .Rprofile so that it know where to look for packages
COPY .Rprofile /home/project/
RUN R -e 'packrat::restore(project="/home/project");'
# Copy DB query script into the Docker image
COPY 002_query_db_for_kpis.R /home/project/002_query_db_for_kpis.R
# copy crontab for db query
COPY db_query_cronjob /etc/crontabs/db_query_cronjob
# give execution rights
RUN chmod 644 /etc/crontabs/db_query_cronjob
# run the job
RUN crontab /etc/crontabs/db_query_cronjob
# start cron in the foreground
CMD ["cron", "-f"]
它构建ok,然后cron作业会无声地失败。当我调查时:
docker exec -it 19338f50b4ed Rscript `/home/project/002_query_db_for_kpis.R`
我得到的结果是:
Error in library(zoo) : there is no package called âzooâ
Execution halted
现在,脚本的第一部分如下所示:
#!/usr/local/bin/env Rscript --default-packages=zoo,RcppRoll,lubridate,broom,magrittr,tidyverse,rlang,RPostgres,DBI
library(zoo)
...
所以,很明显,它没有找到包裹。不过他们在里面。这就是packrat和复制。Rprofile,它似乎很有效,因为如果我在容器中运行一个shell,当它运行时,我可以在其中找到它们:
root@d2b4f6e7eade:/usr/local/lib/R/site-library#
所有的packrat文件似乎都放在正确的地方。。可能是因为这个原因。无法看到Rprofile文件,因为它以“.”开头?我能改一下吗?
使现代化
如果我不使用packrat,但正常安装软件包,它就可以工作。在容器的文件中,我可以看到/usr/local/lib/R/site library中没有所需的包,而/home/project/packrat/src中有。所以,这一定是因为Rscript找错了地方。我想是的。/home/project中的Rprofile可以解决这个问题,但它不能。。也许还有什么我没抄的?虽然我现在已经运行了这个脚本,但它并不理想,因为这些包可能是不同的版本(因此我想使用packrat),所以如果有人能想出如何让它与packrat一起工作,我会将这个答案标记为正确。
