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用matlab从mysql数据库中检索blob字段

blob matlab mysql

yuk · 技术社区 · 16 年前

我正在使用jdbc访问公共mysql数据库 mySQL java connector . 外显子是int(10),外显子和外显子是长斑领域。

javaaddpath('mysql-connector-java-5.1.12-bin.jar')
host = 'genome-mysql.cse.ucsc.edu';
user = 'genome';
password = '';
dbName = 'hg18'; 
jdbcString = sprintf('jdbc:mysql://%s/%s', host, dbName);
jdbcDriver = 'com.mysql.jdbc.Driver';
dbConn = database(dbName, user , password, jdbcDriver, jdbcString);
gene.Symb = 'CDKN2B';
% Check to make sure that we successfully connected
if isconnection(dbConn)
    qry = sprintf('SELECT exonCount, exonStarts, exonEnds FROM refFlat WHERE geneName=''%s''',gene.Symb);
    result = get(fetch(exec(dbConn, qry)), 'Data');
    fprintf('Connection failed: %s\n', dbConn.Message);
end

结果如下:

result = 
    [2]    [18x1 int8]    [18x1 int8]
    [2]    [18x1 int8]    [18x1 int8]

result{1,2}'
ans =
   50   49   57   57   50   57   48   49   44   50   49   57   57   56   54   55   51   44

这是错误的。第2列和第3列中的矢量长度应与第1列中的数字匹配。

例如,第一个blob应该是 [21992901; 21998673] . 我怎样才能转换它?

更新:

在提交这个问题之后,我想它可能是字符串的十六进制表示。并得到证实:

>> char(result{1,2}')
ans =
21992901,21998673,

所以现在我需要把所有blobs十六进制数据转换成数值向量。仍在考虑以矢量化的方式执行,因为行数可能很大。

3 回复 | 直到 13 年前

gnovice 16 年前

这将把所有字符数据转换为数值向量,除了 result ,将结果放回相应的单元格中:

result(:,2:end) = cellfun(@(x) str2num(char(x'))',...  %# Apply fcn to each cell
                          result(:,2:end),...          %# Input cells
                          'UniformOutput',false);      %# Output as a cell array

Jonas 16 年前

我建议使用文本扫描

exons = cellfun(@(x) textscan(char(x'),'%d','Delimiter',','),...
result(:,2:end),'UniformOutput',false);

要为这两个数字中的每一个获取单元格数组,可以将格式字符串替换为 %d,%d 放弃 Delimiter 选择权。

yuk 16 年前

以下是我的工作:

function res = blob2num(x)
res = str2double(regexp(char(x'),'[^,]+','match')');

然后

exons = cellfun(@blob2num,result(:,2:3)','UniformOutput',0)
exons = 
    [2x1 double]    [2x1 double]
    [2x1 double]    [2x1 double]

有更好的解决办法吗?可能正在检索数据?

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