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R-在多棵生成树上运行函数(多Phylo对象)

phylogeny tree r

Daniel Swindlehurst · 技术社区 · 7 年前

我想在存储为多Phylo对象的多个系统发育中运行相同的函数。

例如,假设我有1000棵树的multiPhylo,我想求每棵树的边/分支长度之和。我知道对于一棵树,我可以使用:

sum(tree$edge.length)

但我不知道如何在一个多门星系中对所有的树都这样做。我相信这很简单,但我无法理解。有人能帮忙吗?

谢谢

丹

1 回复 | 直到 7 年前

nya 7 年前

班 multiPhylo 是一个列表( str(tree) )从而提供以下功能: R 用于处理列表。要求单个树的边长度之和,请使用 lapply 作用

lapply(tree, FUN = function(x) sum(x$edge.length))

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