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Windows批处理服务器加载包时出错

sweave batch-file r windows

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Chase · 技术社区 · 15 年前

我很难找到关于如何在WindowsXP上为swave文档设置批处理文件的清晰文档。

我正在使用找到的批处理文件 here

我已经创建了一个批处理文件名 run.bat 包含以下内容:

Sweave myFile.Rnw

在设置wd之后,我在swave文件中做的第一件事是使用 RODBC 包裹:

library(RODBC)
fetch <- odbcConnect("myDatabase")
myData <- "select * from myTable"
x <- sqlQuery(fetch, myData)
odbcCloseAll()

Error: chunk 2
Error in library(RODBC) : there is no package called RODBC
In addition: Warning message:
In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, :
    there is no package called 'xtable'

很明显,这些包确实存在并且可以正常工作,但是权限中存在一些不正确的地方,或者找不到正确的目录。有什么想法吗?

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2 回复 | 直到 9 年前

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Dirk is no longer here 15 年前

当您在R(GUI)中输入它时,它返回什么?

 .libPaths()

在Rnw文件中运行时显示什么?

help(Startup) 对于在何处可以设置R\u LIBS及其变体,我们有一些建议。

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Chase 15 年前

"C:\Program Files\R\R-2.11.0\bin\Rterm.exe" --vanilla <%run.r>%run.r
 del *.log
 del *.aux

.bat 文件将启动R,运行脚本 run.r 它包含两个命令:

Sweave("myFile.Rnw")
tools::texi2dvi("myFile.tex", pdf=TRUE)

然后清洗中间产物 .log 和 .aux 来自LaTeX输出的文件。显然,大部分工作是在 myFile.Rnw 但这将至少让我点击一个按钮,执行我的分析,并生成PDF文件。

如果有人能想出一个更有效的方法,我会很感激的。