rentrez的摘要列表在使用append()合并后停止工作

tl;dr:由 rentrez ,为什么这些列表不再与其他 伦特雷斯 函数合并后使用 append() ?

我正在使用 伦特雷斯 . 我可以毫无问题地搜索出版物和下载摘要。然而,一个摘要列表中一定有一些我不明白的特别之处,因为当我使用 附加() 尝试合并列表。我还没能通过阅读文档来弄清楚这有什么区别。下面是允许我搜索Pubmed和下载记录的代码:

# set search term and retmax
term_set <- '"Transcription, Genetic"[Mesh] AND "Regulatory Sequences, Nucleic Acid"[Mesh] AND 2017:2018[PDAT]'
retmax_set <- 500
# search pubmed using web history
search.l <- entrez_search(db = "pubmed", term = term_set, use_history = T)
# get summaries of search hits using web history 
for (seq_start in seq(0, search.l$count, retmax_set)) {
    if (seq_start == 0) {summary.l <- list()} 
    summary.l[[length(summary.l)+1]] <- entrez_summary(
        db = "pubmed", 
        web_history = search.l$web_history, 
        retmax = retmax_set, 
        retstart = seq_start
    )
}

但是,使用 summary.l <- list() 然后 summary.l[[length(summary.l)+1]] <- entrez_summary(... 结果显示一个摘要列表(此搜索中有3个子列表)。这将导致多个 for 在数据提取的后续步骤中循环(见下文),是一种不健康的数据结构。

# extract desired information from esummary, convert to dataframe
for (i in 1:length(summary.l)) {
    if (i == 1) {faut.laut.l <- list()}
    faut.laut <- summary.l[[i]] %>% 
        extract_from_esummary(
            c("uid", "sortfirstauthor", "lastauthor"), 
            simplify = F
        )
    faut.laut.l <- c(faut.laut.l, faut.laut)
}
faut.laut.df <- rbindlist(faut.laut.l)

使用 附加() 在下面的代码中,给出了所有1334个摘要的一个列表,避免了子列表。

# get summaries of search hits using web history 
for (seq_start in seq(0, search.l$count, retmax_set)) {
    if (seq_start == 0) {
        summary.append.l <- entrez_summary(
            db = "pubmed", 
            web_history = search.l$web_history, 
            retmax = retmax_set, 
            retstart = seq_start
        )
    } 
    summary.append.l <- append(
        summary.append.l,
        entrez_summary(
            db = "pubmed", 
            web_history = search.l$web_history, 
            retmax = retmax_set, 
            retstart = seq_start
        )
    )
}

但是,在随后的步骤中 extract_from_esummary() 抛出一个错误,即使文档中说 esummaries 应该是摘要对象的列表。

# extract desired information from esummary, convert to dataframe
faut.laut.append.l <- extract_from_esummary(
    esummaries = summary.append.l,
    elements = c("uid", "sortfirstauthor", "lastauthor"), 
    simplify = F
)
Error in UseMethod("extract_from_esummary", esummaries) : 
no applicable method for 'extract_from_esummary' applied to an object of class "list"

faut.laut.append.df <- rbindlist(faut.laut.append.l)
Error in rbindlist(faut.laut.append.l) : 
object 'faut.laut.append.l' not found

在一次调用 entrez_summary() 不需要列表的连接。因此,下面的代码可以工作。

# set search term and retmax
term_set_small <- 'kadonaga[AUTH]'
retmax_set <- 500
# search pubmed using web history
search_small <- entrez_search(db = "pubmed", term = term_set_small, use_history = T)
# get summaries from search with <500 hits
summary_small <- entrez_summary(
    db = "pubmed", 
    web_history = search_small$web_history, 
    retmax = retmax_set
)
# extract desired information from esummary, convert to dataframe
faut.laut_small <- extract_from_esummary(
    esummaries = summary_small,
    elements = c("uid", "sortfirstauthor", "lastauthor"), 
    simplify = F
)
faut.laut_small.df <- rbindlist(faut.laut_small)

为什么 附加() 打破夏天,这能避免吗?谢谢。