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为什么从rmarkdown渲染pdf需要在渲染之间关闭rstudio?

kableextra r-markdown r

boshek · 技术社区 · 8 年前

出身背景

我正在尝试制作一个rmarkdown文档,该文档使用 render() render

output_format() .
我还想向文档传递一个参数,以指定表(使用 kableExtra 包装)是latex或html。

这是名为test的rmarkdown文件。Rmd

---
title: "Title"
author: "Zzz Zzzzzz"
params:
  table_format:
    value
---

```{r setup}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
library(knitr)
library(kableExtra)

options(knitr.table.format = params$table_format) 
```

## Test table

```{r cars}
if (params$table_format == "latex"){
kable(iris[1:100,], booktabs = T) %>%
  kable_styling(latex_options = c("scale_down")) 
}

if (params$table_format == "html"){
kable(iris[1:100,]) %>%
  kable_styling(bootstrap_options = c("striped", "hover"))  %>%
  scroll_box(width = "500px", height = "600px")
}


params$table_format
```

下面是渲染文件的两个调用:

rmarkdown::render("test.Rmd", output_format = "pdf_document", params = list(
  table_format = "latex"
))


rmarkdown::render("test.Rmd", output_format = "html_document", params = list(
  table_format = "html"
))

问题

现在,如果我打开一个新的rstudio会话,我可以同时运行这两个会话 提供 再一次 我得到以下错误:

“C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc”+RTS-K512m-RTS --突出显示样式探戈--latex engine pdflatex--variable graphics=yes--variable“geometry:margin=1in”!未定义的控件序列\开始{tabular}{rrrrl}\t规则

潘多克。exe:生成PDF时出错错误:pandoc文档转换测验utf8.md--到latex--从

html呈现一次又一次地工作良好。如果我关闭rstudio,然后连接项目,pdf的渲染效果也很好。

问题

同样,为什么rstudio必须在渲染之间关闭?

4 回复 | 直到 8 年前

Hao 7 年前

2019-01-21更新:

针织纽扣和 render 功能是,knit按钮总是从一个“新环境”(我们都能感觉到)开始,而 提供 parent.env()

render(input, ..., envir = parent.frame(), ...)

在函数文档中,我们看到

envir   
The environment in which the code chunks are to be evaluated 
during knitting (can use new.env() to guarantee an empty new 
environment).

因此,我们可以模拟单击 knit envir = new.nev() 在渲染调用中。

原始答案:

嗯,让我先发布解决方案。为了解决这种行为,您需要在yaml部分中添加以下内容。我还添加了一个函数 kableExtra_latex_packages() 在本周早些时候的开发版本中,我们将介绍以下内容。

header-includes:
  - \usepackage{booktabs}
  - \usepackage{longtable}
  - \usepackage{array}
  - \usepackage{multirow}
  - \usepackage[table]{xcolor}
  - \usepackage{wrapfig}
  - \usepackage{float}
  - \usepackage{colortbl}
  - \usepackage{pdflscape}
  - \usepackage{tabu}
  - \usepackage{threeparttable}
  - \usepackage[normalem]{ulem}

如果你想知道为什么会有如此奇怪的行为,这里有一个简短的解释。第一次加载时 kableExtra 在降价环境中,它将 try to put the LaTeX package information above into the rmarkdown metadata 使用 usepackage_latex() function 提供 功能,但我需要这样看。

package vignette 本周早些时候发布的kableExtra 0.5.0。请随意查看。此外,正如我前面所说,在当前的开发版本中,可以使用函数打开列表 .

Patricia 8 年前

在我的情况下,@Hao答案不起作用。。。我最终在每次渲染执行后卸载了kableExtra包,如下所示:

rmarkdown::render('torender.Rmd')
detach("package:kableExtra", unload=TRUE)

也可以使用以下方式选择环境:

rmarkdown::render('torender.Rmd',envir=new.env(some parameters))

哪个更干净。。。。但我没有这样做!

Curtis 8 年前

我有一个类似的问题:一个用于呈现包含表的PDF报告的循环。PDF不能用booktabs=T呈现。我的解决方案是在从循环中调用的Rmd脚本中手动加载我的设置块中的所有latex包。

usepackage_latex("booktabs")
usepackage_latex("longtable")
usepackage_latex("array")
usepackage_latex("multirow")
usepackage_latex("xcolor", "table")
usepackage_latex("wrapfig")
usepackage_latex("float")
usepackage_latex("colortbl")
usepackage_latex("pdflscape")
usepackage_latex("tabu")
usepackage_latex("threeparttable")
usepackage_latex("threeparttablex")
usepackage_latex("ulem", "normalem")
usepackage_latex("makecell")

希望这能帮助一些人。

dnidz 7 年前

output: 
  pdf_document:
    includes:
      in_header: headers.tex

\usepackage{booktabs}
\usepackage{longtable}
\usepackage{array}
\usepackage{multirow}
\usepackage{wrapfig}
\usepackage{float}
\usepackage{colortbl}
\usepackage{pdflscape}
\usepackage{tabu}
\usepackage{threeparttable}
\usepackage{threeparttablex}
\usepackage[normalem]{ulem}
\usepackage{makecell}
\usepackage{xcolor}