我试图在R中写一个循环,在那里我预期会出现一些错误。我没有停止循环,而是试图找出一种方法来捕获错误消息,并将该信息包含在输出中,然后继续循环。
关于数据的说明:
This
数据来自NOAA网站,是南方涛动指数数据。第二个集合很小(数据2),仅用于生成错误。
这是我试图创建的循环类型的一个稍微简单的示例。从网络上获取一些数据,对其执行一些操作,将其存储(如
df
rbind
data_spec <- c("data")
df <- c()
for (i in data_spec){
raw <- read.csv(
paste0("https://www.ncdc.noaa.gov/teleconnections/enso/indicators/soi/",i,".csv"),
skip = 2, col.names = c("Date","SOI") )
u <- data.frame(data_spec = i, mean_soi = mean(raw$SOI))
df <- rbind(df, u)
}
https://www.ncdc.noaa.gov/teleconnections/enso/indicators/soi/data2.csv
不是有效的url,循环停止并引发错误:
文件(文件,“rt”)中出错:此外,无法打开连接:
警告消息:在文件(文件“rt”)中:无法打开URL
https://www.ncdc.noaa.gov/teleconnections/enso/indicators/soi/data2.csv
HTTP状态为“404未找到”
预期输出
data_spec mean_soi
1 data 0.1223618
2 data2 Error in file(file, rt) : cannot open the connection
所以我想我很清楚我需要使用
tryCatch
在这里如果我这样使用它:
data_spec <- c("data", "data2")
df <- c()
for (i in data_spec){
tryCatch({
raw <- read.csv(
paste0("https://www.ncdc.noaa.gov/teleconnections/enso/indicators/soi/",i,".csv"),
skip = 2, col.names = c("Date","SOI") )
u <- data.frame(data_spec = i, mean_soi = mean(raw$SOI))
df <- rbind(df, u)
}, error=function(e){cat("ERROR :",conditionMessage(e), "\n")})
}
demo(error.catching)
.我稍微修改了该函数,以便捕获错误消息:
tryCatch_mod <- function(expr)
{
W <- NULL
w.handler <- function(w){ # warning handler
W <<- w
invokeRestart("muffleWarning")
}
temp <- list(value = withCallingHandlers(tryCatch(expr, error = function(e) e),
warning = w.handler),
warning = W)
unlist(temp[[2]])$message
}
tryCatch_mod(read.csv("https://www.ncdc.noaa.gov/teleconnections/enso/indicators/soi/data2.csv",
skip = 2, col.names = c("Date","SOI")))
我如何包括这个函数(或完成相同事情的东西),以便输出是有条件的,或者是否存在错误?也就是说,我如何编写函数,它本质上说:
-
出现错误时,跳过任何操作并附加
i
并将错误消息输入
-
