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`bookdown`/`rmarkdown`/`knitr`:非代码顺序处理如何进行?

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  • balin  · 技术社区  · 8 年前

    程序化的 bookdown 项目收益如下:

    1. 读取原始数据-生成所有类型的统计数据。
    2. 数据预处理(对数化、标准化、插补)-生成各种各样的图,用于监测产生的人口水平缺陷。
    3. 用于分析的主成分分析-生成主成分分析图和主要数据点的负荷。
    4. 差异表达分析-生成火山图和具有显著差异表达特征的图。
    5. 差异表达特征的超代表性分析在各种生物本体系统中-为丰富的类别生成示例条形图。

    我把分析和叙述很好地结合在一起 预订 ,实现对临时(大容量)数据集的高效实时丢弃/ ggplot2 对象(转换前/转换后数据等)。

    然而:目标受众主要/仅对4项感兴趣。&5.,引导我进入渴望遵循的结构:

    4.,5.,附录(1.,2.,3.)

    除了预计算1-5还有别的方法吗?然后按目标顺序重新访问-我希望避免累积所有这些 绘图2 内存中的对象(如果可能)。

    1 回复  |  直到 8 年前
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  •   mschilli    8 年前

    您可以执行以下操作:

    1. 将步骤1-3和4-5拆分为两个单独的步骤 *.Rmd 文件,比如 123.Rmd 45.Rmd .
    2. 将代码块添加到 45.md 那些针织品 123.马来西亚令吉 123.md :

    ```{r knit123, include = FALSE} knitr::knit("123.Rmd", output = "123.md") ```

    这将在标记中生成步骤1-3的输出,并使由此创建的所有对象可用于步骤4-5。

    1. 将代码块添加到 45.马来西亚令吉 上面写着 123英里 打印其内容:

    ```{r include123, results = "asis"} cat(readLines("123.md"), sep = "\n") ```

    这个 results = "asis" 将阻止任何进一步的处理,因为它已经是有效的降价。

    1. 针织 45.马来西亚令吉 你想要什么样的目标格式。

    编辑(1) 以下内容:

    TL;博士 :不要将步骤1-3中的对象存储在整个步骤4-5中的内存中以便随后打印,而是先打印并将结果存储在磁盘上。


    编辑(2):

    既然你明确提到了预订:如果在编织过程的最后有一个YAML选项包括一个降价文件(类似于 include-after: 123.md );但我不太清楚,我懒得自己去查。;-)

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