代码之家 › 专栏 › 技术社区 › Kamil

如何使用ggsurvifit包更改风险表中的标签名称?

ggsurvfit survival survival-analysis label r

1

Kamil · 技术社区 · 1 年前

是否可以编辑风险表标签?

我正在尝试将风险表标签(“男性”、“女性”)更改为其他标签。

library(tidyverse)
library(ggsurvfit)

p <- 
  survfit2(Surv(time, status) ~ sex, data = df_lung) %>%
  ggsurvfit(linewidth = 1) + 
  scale_ggsurvfit() + 
  add_risktable(
    risktable_stats = c("n.risk")) +
  theme_classic() +
  scale_color_manual(values = c('blue', 'magenta'),
                     labels = c('My label', 'My other label')) +
  scale_fill_manual(values = c('blue', 'magenta'),
                    labels = c('My label', 'My other label'))


p

enter image description here

如果我使用scale_color_manual和scale_fill_manual,ggplot图例显示更改后的标签,但表显示输出标签。里面的风险表怎么样?

1 回复 | 直到 1 年前

1

Daniel D. Sjoberg 1 年前

最简单的方法是在调用之前简单地更改数据帧中的标签 survfit2() 。但您也可以添加任何 ggplot2() 的函数 add_risktable(theme) 论点以下两者的示例!

library(ggsurvfit)
#> Loading required package: ggplot2
library(tidyverse)
packageVersion("ggsurvfit")
#> [1] '1.0.0'

# it's easiest to change the label in the data before
p <- 
  survfit2(
    Surv(time, status) ~ sex, 
    data = df_lung |> mutate(sex = case_match(sex, "Male" ~ 'My label', "Female" ~ 'My other label'))
  ) %>%
  ggsurvfit(linewidth = 1) + 
  scale_ggsurvfit() + 
  add_risktable(
    risktable_stats = c("n.risk")
  ) +
  theme_classic() +
  scale_color_manual(values = c('blue', 'magenta')) +
  scale_fill_manual(values = c('blue', 'magenta'))
p


# you can also modify the labels directly using ggplot functions 
# in the theme argument of add_risktable()
p <- survfit2(Surv(time, status) ~ sex, data = df_lung) %>%
  ggsurvfit(linewidth = 1) + 
  scale_ggsurvfit() + 
  add_risktable(
    risktable_stats = c("n.risk"),
    theme = 
      list(
        theme_risktable_default(),
        scale_y_discrete(label = c('My other label', 'My label'))
      )
  ) +
  theme_classic() +
  scale_color_manual(values = c('blue', 'magenta'),
                     labels = c('My label', 'My other label')) +
  scale_fill_manual(values = c('blue', 'magenta'),
                    labels = c('My label', 'My other label'))
p

^{创建于2024-01-15

reprex v2.0.2}